En la primera etapa fueron los Padres Dominicos quienes, no después de arduas y constantes gestiones, lograron que el rey Felipe V concediera Licencia de Universidad Real y Pontificia "Intra Claustra" en el Convento de Santo Domingo, por cédula de 22 de enero de 1714, la que quedó inaugurada solemnemente en 1719 y que luego de paralizó su vida por no poder el Convento sostenerla, según aparece en el trabajo del recordado maestro arequipeño don Federico M. Ugarte, publicado en la Revista Universitaria en 1929.

Más tarde es la Comunidad Mercedaria que siempre anduvo rivalizando con los Dominicos y Jesuitas en propagar la instrucción, que en el Capítulo Provincial de la Orden, celebrado en esta ciudad en el mes de Julio de 1765, acordó la fundación de un Colegio Real y la Universidad Pontificia constituida según las normas de la célebre Universidad de Alcalá de Henares, tal como aparece de los Documentos para la Historia de la Universidad del historiador arequipeño Padre Víctor M. Barriga publicados en la Revista Nro. 37 de la UNSA. Lamentablemente el expediente inicial se perdió en las Oficinas de Cámara y los trámites quedaron paralizados

.La segunda etapa corresponde a las gestiones y esfuerzos realizados por las instituciones y comunidad toda en los años inmediatos a la proclamación de nuestra independencia política. Un hito fundamental lo constituyó la fundación de la Academia Lauretana el 10 de diciembre de 1821 en el templo de la Compañía, consagrada a la Santísima Virgen de Loreto y en la que se conjuncionaron las más brillantes personalidades del clero y la civilidad, comulgando con el común espíritu libertario de la Patria que emergía con ideas renovadas.

La larga gestión de la institución universitaria, fue abonada por el Libertador Simón Bolívar, el que, a su paso por el sur del Perú hacia el Alto Perú, recogiendo el clamor de la ciudadanía, en su Cuartel General en la Ciudad de Puno, el 6 de agosto de 1825, por intermedio del Secretario General interino don Felipe Santiago de Estenós, hizo llegar al señor Prefecto de Arequipa, don Antonio Gutiérrez de la Fuente, una ordenanza para la constitución de los establecimientos de ciencias y artes, salubridad pública y demás, que contribuyan al adelantamiento y felicidad del Departamento. Como puede apreciarse de este único documento pues no existe ni se conoce un Decreto propiamente expedido por Bolívar, creando el Colegio de la Independencia Americana y la Universidad, sino un encargo en general para la creación de instituciones de ciencias y artes; el verdadero propulsor de ambas instituciones fue el prefecto don Antonio Gutiérrez de la Fuente, con el apoyo y total auspicio de los miembros de la Academia Lauretana, tal como se conoce en un documento de la Secretaría de la Universidad del 12 de noviembre de 1830 publicado en la imprenta del gobierno administrada por Pedro Benavides, que lo reconoce como su creador y protector, reconociéndose también el decisivo apoyo del Gran Mariscal Santa Cruz, quien como Presidente del Consejo de Gobierno,expidió los decretos más favorables al objeto, habiendo dispuesto la ocupación de los claustros de los Padres Agustinos como sede del colegio y la Universidad, le señaló al Cuerpo Docente y le dispensó los fondos indispensables.

Es así como llegamos al 11 de noviembre de 1828 en el que en una memorable y solemne ceremonia, como queda registrada en la conceptuosa como emocionante Acta de su fundación, se declaró instalada la Universidad Nacional del Gran Padre San Agustín del Departamento de Arequipa. El acto fue realmente impresionante y el sólo leer el Acta de fundación, sobrecoge el espíritu de ver juntos tanta calidad humana y goce ciudadano, hasta llegar a las lágrimas por la creación de este "Templo del saber", de esta casa de Estudios Superiores que tanto se hizo esperar y que llegó en el momento preciso en que la nacionalidad irumpía triunfante con nuevos y vigorosos aires republicanos y empezaba un amanecer de ideales y triunfo de la inteligencia sobre el obscurantismo dogmático; de la vida y de la ciencia sobre la ignorancia adormecida.

La Universidad advino conjuntamente con la Patria Libre. Desde aquella fecha memorable, 11 de noviembre de 1828, hasta el momento que vivimos, nuestra Universidad, al igual que las del resto del país, ha pasado por crisis institucionales, conflictos, convulsiones, viscisitudes, marchas, contramarchas, fracasos, éxitos, intervenciones de agentes extraños y permanente lucha y agonía en defensa de su autonomía. Las experiencias vividas en pos de importantes reformas y transformaciones de la Universidad Peruana y la madurez histórica, nos permiten encarar con el más absoluto realismo, el diseño, la estructura y la organización de un nuevo modelo de la Universidad Peruana y concretamente agustina, por las circunstancias que le toca vivir al Perú que son decisivas para dar el salto trascendental de nuestra independencia económica, tratando de consolidar nuestra libertad política y económica y nuestra personalidad cultural.

Felizmente existe concenso comunitario universitario, como decisión institucional de las Autoridades académicas, de sus bases profesores, estudiantes y trabajadores no docentes para conjuncionar un sostenido, responsable y ponderado esfuerzo para cumplir con tan patriótica y elevada misión