El Instituto de Investigaciones Sociales UNSA se crea en el 2009, con administración a la Facultad de Ciencias Histórico-Sociales. Sin embargo, acorde a la nueva ley universitario N.º 30220, es que la autoridad designa la administración de Centros e Institutos de Investigaciones de la Universidad, aprobado con resolución de consejo universitario N.º 822-2016, de octubre del 2016; Se varía la administración y gestión correspondiendo al vicerrectorado de Investigación de la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa. Se renueva la finalidad del Instituto de Investigaciones Sociales, reorientando su finalidad hacia sistemas de calidad. Cuenta con nuevos lineamientos que valoran la producción y gestión del conocimiento, participación en fondos concursables, producción intelectual, fortalecimiento de capacidades para la investigación científica.