Un grupo de profesores del Departamento de Educación en coordinación con el Decano de la Facultad de Ciencias de la Educación Dr. Luis Cuadros Paz tomaron la decisión de constituir un instituto de investigación en educación. En ese periodo se incorporaron, algunos estudiantes de la facultad, así como profesores que procedían de otros departamentos académicos de la universidad. Durante el 2018, después de sucesivas coordinaciones con los responsables del Vicerrectorado de Investigación, presentaron expediente para la formalización institucional, previo cumplimiento de los requisitos establecidos por los órganos normativos de la UNSA. Mientras se resolvían los asuntos administrativos de su creación, los integrantes del instituto fueron consolidando sus capacidades y perspectivas investigativas; a través de la participación en los fondos concursables de UNSAInvestiga y de otros organismos de apoyo a la investigación. Finalmente, en Asamblea universitaria y de acuerdo a la Resolución del Consejo Universitario N° 0164-20202, del 09 de marzo-2020, se aprobó la creación y funcionamiento del Instituto de investigación, Innovación y Desarrollo de las Ciencias de la Educación (INEDU-UNSA).

Con las formalidades de la autorización normativa se iniciaron las gestiones ante la Facultad de Ciencias de la Educación para el reconocimiento de los integrantes de INEDU-UNSA, que se concretó a través de la Resolución del Consejo de Facultad N° 022-2021-FCE_UNSA, donde se reconoce al Consejo Directivo, a los coordinadores e integrantes del INEDU-UNSA. Desde su constitución como instituto de investigación continuo con la etapa de consolidación, mediante la organización  de diversas actividades académicas y científicas, sus integrantes vincularon sus proyectos de investigación a las acciones de desarrollo del instituto. La facultad doto con la infraestructura y logística para su afirmación como unidad investigativa. En su primer año de funcionamiento, todos los miembros plenos e invitados obtuvieron su acreditación como investigadores reconocidos por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONCYTEC). Asimismo, se incorporó a docentes extranjeros como profesores visitantes, situación que posibilito una mayor proyección investigativa del INEDU-UNSA.