La apuesta y el fomento de la investigación en los últimos años han logrado que la Universidad Nacional de San Agustín de Arequipa se situé en los primeros lugares de rankings nacionales e internacionales, los cuales miden indicadores de excelencia académica, científica, entre otros.
En reciente ranking de Scival (herramienta de ayuda a la investigación perteneciente a la editorial Elsevier) publicado en julio de 2022, la Casa Agustina se ubica como la segunda universidad pública, en el 2021, con mayor producción científica y con colaboración internacional.
La lista agrupa a 15 universidades públicas peruanas y lo encabeza la Universidad Nacional Mayor de San Marcos. La UNSA, se ubica en el puesto Nro. 2, está por encima de universidades de Lima, Trujillo, Cuzco y Puno, al tener 408 publicaciones científicas en revistas indexadas, de las cuales el 46.6% cuenta con colaboración internacional.
La Casa Agustina logró publicar su primer artículo en el año 1961, pero solo en los últimos años el crecimiento ha sido significativo: El 2016 con 40 publicaciones; el 2017, 74; el 2018, 129; el 2019, 232; el 2020, 265 y el 2021 con 408 publicaciones.
La clasificación de Scival refleja lo informado en el III Informe Bienal sobre la realidad universitaria en el Perú elaborado por la Superintendencia Nacional de Educación Universitaria (Sunedu).
Este último estudio permitió elaborar dos listas: Ranking Histórico de Instituciones Universitarias (1980-2020) y Ranking Excelencia 2021, en ambas la UNSA está ubicada entre las 10 primeras universidades del país. En el primero, en el puesto Nro.9 y en el segundo, Nro. 7.